“微生物組”（microbiome）是指存在于特定環境 （生態位，biotype）中所有微生物種類及其遺傳信息和功能的集合，其不僅包括該環境中微生物間的相互作用，還包括有微生物與該環境中其它物種及環境的相互作用。微生物作為地球上進化歷史最長、生物量最大、生物多樣性最豐富的生命形式，推動地球化學物質循環，影響人類健康乃至地球生態系統，蘊藏著極為豐富的物種資源和基因資源。在自然條件下，各類微生物與其所處的環境及環境中存在的宿主構成了復雜的生態系統，微生物以其社會行為，在維護人類健康及地球生態系統物質循環中發揮著不可替代的作用。
為推動我國微生物組學的發展，提高從業人員的技術水平，更好地促進專家學者們在研究中的分享和交流，特開辦“微生物組研究及數據分析專題培訓班”，培訓班采用理論和實際案例分析相結合的教學形式，使學員在短時間內對微生物組學研究中涉及的知識和方法得到迅速提升，同時學員與授課專家進行現場交流與咨詢，探討在平時工作、研究中的瓶頸問題，以拓寬自己的研究思路，共同挖掘微生物資源的研究價值和應用前景。
官方網站： http://www.biotech.org.cn/m/analysis2017
培訓時間： 2017年10月21日—24日
培訓地點： 北京市朝陽區北辰西路1號院3號 中國科學院微生物研究所 E301
主辦單位： 中國生物工程學會、中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心
協辦單位： 中國科學院人才交流開發中心
培訓特色：
1. 權威師資，所有講師均來自微生物組權威研究機構，具備豐富的數據分析和項目執行經驗；
2. 豐富的案例講解配合理論知識的傳授，幫助學員快速掌握分析方法和實際應用；
3. 依托測序中心和數據中心舉辦，為未來合作奠定基礎；
4. 配合研究中所需的要點,圍繞實際研究中常用的軟件展開;
5. 學員通過與專家直接交流，能夠分享到頂尖學術機構的研究經驗和實驗設計思路。
培訓對象：
大中專院校生命科學、生物信息、生態學、生物計算、醫學；對生物信息有一定了解的在校教師，研究生、博士生及科研單位從事該領域的研究人員。
朱寶利
中國科學院微生物研究所研究員
朱寶利 教授，中國科學院微生物研究所研究員, 中國科學院大學醫學院教授，博士生導師，國家973項目首席科學家，國際100K食源性病原基因組項目中國區負責人。在美國加州奧克蘭兒童醫院研究所（BACPAC Resources Center）工作期間參加了國際人類基因組計劃和后期的人類癌癥基因組項目的研究工作；同時，也與英國Sanger Institute，美國哈佛大學Broad Institute等國際知名基因組研究中心合作進行了大鼠及真菌模式生物基因組，以及牛、豬、雞等畜禽基因組項目的研究工作，對國內外人類、動物和微生物基因組相關研究有很廣泛和深入的了解。2006年回國后主要從事病原微生物基因組學、環境微生物基因組學及人類腸道元基因組學的研究，同時也從事基因組學研究成果臨床轉化應用的研究和臨床基因檢測方法和技術的開發。 中國食源性微生物檢測技術創新戰略聯盟常務理事。北京生物工程學會常務理事，中華預防醫學會微生態分會委員，中國微生物學會分析微生物學會委員。
王 軍
中國科學院微生物研究所研究研究員
王軍 教授，中國科學院微生物研究所研究員，博士生導師，2004-2008: 中國海洋大學本科，省級優秀畢業生 (2004-2008)? 2008-2010: 歐盟Erasmus Mundus獎學金資助，獲得比利時根特大學，西班牙奧維耶多大學，德國不來梅大學聯合碩士，最高成績等級畢業 2010：德國不來梅馬普海洋微生物研究所，碩士論文 2010-2014: 德國普倫馬普進化生物學研究所，最高成績等級畢業。 2017年入選中組部“千人計劃”青年項目。主要進行生物數據的深度挖掘和分析工作，工作中利用統計學和生物信息學結合的方法，在一系列的微生物組數據，宿主基因組數據，以及正在源源不斷產生的多組學數據中發現生物學規律并研究其意義。研究組涉及分子進化,數量遺傳學，疾病的遺傳學因素和環境因素，微生物生態和功能分析等。
胡松年
中國科學院北京基因組研究所研究員
胡松年 教授，中國科學院北京基因組研究所研究員，博士生導師。曾任中國科學院遺傳與發育研究所人類基因組中心總工程師，2007年7月-2012年7月任中國科學院北京基因組研究所所長助理，2014年7月至今任院基因組科學與信息重點實驗室主任。主要從事第二代測序數據產出和數據管理平臺構建，非編碼RNA的注釋工作。并擔任《遺傳》、《BMC Research Notes》、《Frontiers in Plant Genetics and Genomics》、《Nature Reviews Genetics(Chinese Edition)》等雜志編委；獲得榮譽眾多，主要有：2002年因“中國雜交水稻基因組計劃”獲得“香港求是科技基金求是杰出科技成就集體 獎”，2003年因“中國雜交水稻基因組計劃”獲得“中國科學院杰出科技成就集體獎”，2006年獲得“中國科學院優秀教師獎”，2007年因為“利用 EST信息資源大規?？寺〖倚Q功能基因”獲得“浙江省科學技術一等獎”，2008年獲得“中國科學院朱李月華優秀教師獎”，2015年獲得國務院政府津貼。先后承擔了中國科學院戰略先導專項、國家自然科學基金面上項目、 973項目子課題等17項研究課題。作為人類基因組計劃中國部分的重要參與人員，胡老師為我國基因組學的發展做出了重要貢獻。
馬俊才
中國科學院微生物所網絡信息中心主任
馬俊才教授 中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心主任，博士，正高級工程師，世界菌種保藏聯合會（WFCC）世界微生物數據中心（WDCM）主任、中國生物工程學會生物技術與生物產業信息中心主任、世界微生物菌種保藏聯合會執委、亞洲研究資源網絡數據管理工作組主席、國際生命條形碼項目數據鏡像工作組共同主席。主要致力于生物信息學、生物大數據、微生物云、超大規模全文檢索技術、全球微生物資源網絡建設等方面的研究。研發了全球微生物菌種目錄（Global Catalogue of Microorganisms，簡稱GCM）面向全球微生物保藏中心保藏微生物建立目錄系統；建設微生物領域云數據平臺，生物信息資源國際鏡像網站Bio-mirror，世界衛生組織（WHO）流感病毒數據庫；主持研發《微生物菌種資源數據管理及數據目錄標準》已被ISO TC 276生物技術委員會批準立項成為AWI20710；主持編寫并發布《中國微生物資源發展報告2016》。
劉翟
中國科學院武漢病毒研究所研究員
劉翟教授，中國科學院武漢病毒研究所研究員，博士。2000年畢業于北京大學生命科學院獲理學學士；2005年畢業于北京大學生命科學院生物信息中心，獲生物信息學博士學位，是我國教育部認定的第一批生物信息學博士。2005年進入中國科學院微生物研究所分子免疫與分子病毒研究中心（現為中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室）進行博士后研究。2009年留所工作，在微生物所信息中心任助理研究員、副研究員、研究員，2017年7月任中國科學院武漢病毒研究所研究員。“萬人計劃”青年拔尖人才、“生物安全關鍵技術研發領域”國家重點研發計劃項目負責人。主要研究方向為：流感病毒的分子流行病學研究，微生物基因組與生物信息學，DNA生命條形碼，以及微生物資源的信息化研究。承擔科技部“973”課題，科技部基礎性工作專項課題，自然科學基金項目等。近年來，在Lancet, Nature Communications,Nature Structural and Molecular Biology，Emerging Infectious Diseases，Journal of Biological Chemistry等雜志發表論文40余篇。
培訓內容：
第一部分
一． 微生物組測序及實驗設計
二． 微生物組數據標準和數據質量控制
三． 微生物組數據管理平臺等
第二部分
一． 微生物組學研究趨勢與方法
1 單菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趨勢和方法
2 如何利用這些組學研究的內容
二. 序列組裝和功能分析---DNA水平
1 如何利用和比較illumina和454數據在序列組裝上的優缺點。
2 如何利用Sanger測序的結果進行PCR補洞
3 基于組裝好的序列進行組分（基因、功能元件、非編碼RNA等）和功能分析
4 微生物分析內容和方法
5 討論如何聯合DNA和RNA分析結果形成真正的trans研究
三. 微生物基因組
1 微生物基因組學的發展歷史和前沿科學問題
2 微生物群落和宏（元）基因組學
2.1 微生物群落的動態平衡
2.2 人體微生物群落特征
2.3 微生物群落和疾病
3 病原菌泛基因組學和進化研究
3.1 微生物基因組的特征
3.2 基因相互作用網絡的結構
3.3 生態環境與種群基因組進化
4 病原菌轉錄組和單細胞研究
4.1 單細胞研究的必要性和需要注意的問題
4.2 病原菌在壓力條件下，單細胞的基因表達和調控
5 從微生物基因組學的角度理解病原菌致病性
5.1 致病菌的基因組特征和進化
5.2 微生物群落對致病菌的控制作用
5.3 環境因素誘導基因表達對致病性的影響
第三部分
高通量時代的宏基因組學研究
一. 應用于宏基因組學研究的 NGS 平臺
1 Roche/454 GS FLX Titanium
2 HiSeq 2000
3 PacBio RSII
二. 實驗流程
1 實驗設計
1.1 Amplicon-based: 細菌 16S rRNA，古菌 16S rRNA，真菌 ITS， 真菌 18S
1.2 Whole meta-genome or whole meta-transcriptome
2 建議測序量
3 樣本采集流程，水體、糞便、腸道內容物、土壤、物體表面、口腔
三. 生物信息學分析結果解析
1 測序結果評估，數據統計、OUT 聚類、稀釋性曲線（Rarefaction curve），指數分析（Alpha-diversity）、OUT 分類學分析 （Taxonomy）
2 群落結構及豐度分析：Shannon index 曲線、Rank_abundance 曲線、樣本群落組成 分析、樣品 OUT 分布 Venn 圖、 Heatmap 圖、PCR 主成分 分析
3 分類學和進行關系分析：系統發生進化樹、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA
四． 生物信息學數據分析工具
1 序列質量控制（quality control）: fastq
2 序列組裝（Metagenomic assembly tool）: MetaVelvet; Meta-IDBA; Genovo; Bambus 2
3 Short read alignment and mapping to reference genome: Bowtie; BWA; SOAP3; mrsFAST
4 多樣性分析（Microbial diversity analysis）: MLST; Axiome; PHACGS
5 功能注釋（Functional annotation）: RAMMCAP
6 基因注釋（ Gene annotation/gene calling ） : FragGeneScan; MetaGeneMark; MetaGeneAnnotator
7 聚類（Binning）: TETRA; MetaCluster; Phymm
8 一站式服務器（Automated platforms/servers for comparative and functionalanalysis）: MG-RAST; MEGAN 4; CAMERA; GALAXY
五． 宏基因組勘探（Prospecting metagenomes）:
1 Substrate induced gene expression (SIGEX)
2 Metabolite regulated expression (METREX)
3 Product induced gene expression (PIGEX)
六． 案例分析，大型宏基因組項目
1 Human microbiome
2 Earth Microbiome
學員準備：
1. 自備筆記本電腦；
2. 提前下載相關數據分析軟件；
3. 身份證復印件一張。
報名辦法及費用：
每人￥4500元（含報名費、培訓費、資料費、考試費、證書費），食宿可統一安排，費用自理。請各有關部門統一組織本地區行政、企事業單位報名參加培訓，各單位或個人也可直接報名參加，報名回執表請郵件至會務處郵箱：zhangchen@casjob.com、jinshuang@casjob.com。培訓費請匯入下面賬戶：
收款賬戶：中國科學院人才交流開發中心
銀行賬號：4030 2000 0181 9400 0084 08
開 戶 行：華夏銀行中關村支行
納稅人識別號：1210 0000 4000 1334 5Y
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張晨老師 電話：010-62560538 郵箱：zhangchen@casjob.com
金爽老師 電話：010-62560538 郵箱：jinshuang@casjob.com
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